一、慢查询日志开启：
方法一：
在配置文件my.cnf或my.ini中在[mysqld]一行下面加入两个配置参数

log-slow-queries=/data/mysqldata/slow-query.log
long_query_time=3                 

log-queries-not-using-indexes     

注：log-slow-queries参数为慢查询日志存放的位置，一般这个目录要有mysql的运行帐号的可写权限，一般都将这个目录设置为mysql的数据存放目录；
long_query_time=3中的3表示查询超过两秒才记录；
log-queries-not-using-indexes参数，表示记录下没有使用索引的查询。

还有注意要在[mysqld]下方加入慢查询的配置语句,如果是在[mysqld_safe]下面加入配置语句有可能是不会生效的（至少我的是，又不敢以偏概全）。

方法二：

set global slow_query_log = on;
set long_query_time = 3;

二、查询是否开启了慢查询

show variables like "slow%";

注：这里显示的时间并不是配置的最长查询时间。如果想查看设置的最长查询时间：show variables like "long_query_time";

ps: 原文：http://hi.baidu.com/dsq580/item/5447732249f899112a0f1c5f （感觉写的太长，看起来很烦，至于下面的分析没有贴上。）