一、在index.php同等级目录下新建一个cli.php,添加：

<?php
// 检测PHP环境
if(version_compare(PHP_VERSION,'5.3.0','<'))  die('require PHP > 5.3.0 !');

// 开启调试模式 建议开发阶段开启 部署阶段注释或者设为false
//define('APP_DEBUG',false);

//定义命令行模式执行
define('APP_MODE','cli');

//定义模块名
define('BIND_MODULE','Cli');

// 定义应用目录（linux下需要写绝对目录）
define( 'APP_PATH', dirname(__FILE__).'/Application/' ); 

// 引入ThinkPHP入口文件
require dirname( __FILE__).'/ThinkPHP/ThinkPHP.php';

二、在路径/ThinkPHP/Mode下面有个文件，名字叫做common.php ，复制一份出来，命名为cli.php，然后把里面引入日志类的代码注释或者删除掉：即干掉 
'Think\Log' => CORE_PATH . 'Log'.EXT,

三、其他
Cli目录保持和默认的Home模块一样的结构就行，Cli里可以只放命令行执行的文件,走新建的cli.php入口。其他web模块可以走index.php。
另外注意以上操作完清除Runtime缓存文件。

测试：
Cli/Controller下新建IndexController.class.php，添加代码：

<?php
namespace Cli\Controller;
use Think\Controller;

class IndexController extends Controller {
    public function index() {
        echo 'cli testing~';
    }
}

调用：
php cli.php Index/index

经过本人测试：发现如果不定义APP_MODE也是可以的。如果不定义，可以不用执行步骤二。